Kod vrsta koje žive u području umerene klime vreme parenja je u proleće i u jesen. Kod vrsta koje žive u tropskim i suptroskim područjima, vreme parenja zavisi od vlažnosti vazduha.
Nakon oplodnje, ženka ostaje plodna više godina, čime se može objasniti velika uspešnost kornjača kod naseljavanja novih životnih prostora.
Polaganje jaja nastupa nekoliko nedelja nakon oplodnje, ili, u umerenim klimatskim područjima, u proleće. Njihova jaja se svojim osobinama značajno razlikuju od vrste do vrste, i broj jaja je jako različit. Od samo tri jajeta kod jedne vrste, pa sve do više od 100 jaja kod morskih kornjača. Polaganje jaja se vrši isključivo na kopnu. Kad ženka pronađe odgovarajuće mesto, iskopa jamu i u nju polaže jaja. Zatim zatrpava leglo zemljom ili biljnim materijalom.
Kod gotovo svih vrsta kornjača temperatura u leglu za vreme inkubacije određuje pol mladunaca. Ta osobina se pokazala značajnom kod veštačkog uzgoja koji se sprovodi u cilju očuvanja pojedinih vrsta kornjača. Nakon što se izlegu iz jaja, mladunci ostaju u leglu dok u potpunosti ne potroše zalihe hrane iz jajeta. Na najsevernijoj granici rasprostranjenosti kornjača, mladunci koji se izlegu u kasno leto i iznenadi ih rani početak zime, ostaju zakopani u leglu do proleća. Majke ne pružaju nikakvu pomoć u uzgoju mladunaca. Do polne zrelosti prolazi puno godina. Polna zrelost kornjače ne zavisi od njene starosti nego od veličine.